Now showing 1 - 10 of 25
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    The most common bacterial isolates from wound samples – a three-year study
    (INSTITUTE OF PUBLIC HEALTH OF REPUBLIC OF NORTH MACEDONIA, 2021)
    ;
    ;
    Blerta Mehmeti
    ;
    Aim: The aim of our study was to determine the most common bacteria isolated from wound samples and tо compare the frequency of the resistant bacteria isolated over a 3-year period. Material and methods: During a three years period (2017-2019) a total of 11 863 wound samples (wound swabs, punctuates, exudates, tissue, etc.) were obtained from the hospitalized patients in the University Clinics of the ,,Mother Theresa” campus, the City hospital ,,8th September” and the University Clinic for surgical diseases ,,St. Naum Ohridski” in Skopje. All samples were processed at the Institute of Microbiology and Parasitology, Faculty of Medicine, Skopje. They were examined by standard microbiology techniques. Identification and susceptibility of microorganisms were done by both standard methods and automatized Vitek 2 system. Results: Out of a total number of samples, which was 3 463 in 2017, 4 127 in 2018 and 4 273 in 2019, positive were 2 068 (60%), 2 302 (55.8%) and 2 387 (55.9%), respectively. From the total of aerobes/facultative anaerobes (2 758, 2 949 and 3 279 in three consecutive years, 2017, 2018 and 2019, respectively), Staphylococcus aureus was the most predominant isolate (19.5%, 16.6%, 16.9%) followed by Enterococcus spp (16%, 16%, 16.7%), Pseudomonas aeruginosa (12%, 13%, 12.7%) and E. coli (10%, 10.4%, 10.7%). Considering anaerobic bacteria, the percentage of Gram positive anaerobes (Peptostreptococcus) has decreased from 33% to 18% out of a total number of anaerobes, unlike Gram negative anaerobes in which the increasing percentage was mostly observed in bacteria of the genus Bacteroides (from 39% to 45%). The percentage of the resistant strains of MRSA, CNS-MR and VRE was almost the same in that period. In Gram-negatives the percentage of ESBL-positive isolates of E. coli and Enterobacter spp. increased consecutively from 2017 to 2019. The increase in the percentage of resistant strains was more noticeable in ESBL-positive isolates of Klebsiella pneumonia between 2017 and 2018, but in 2019 a percentage decrease can be observed. Considering carbapenem-resistant (CR) Enterobacterales, an increase in the resistance was noticeable in K. pneumonia. The increase in the percentage of resistant strains in Enterobacter spp. between 2017 and 2018, as well as the decrease between 2018 and 2019 was statistically significant. The percentage of CR-isolates of Pseudomonas aeruginosa was from 30% to 38% and for Acinetobacter spp. this percentage was from 81% to 85%. Conclusion: The knowledge of the most commonly isolated bacterial pathogens, especially the presence of resistant bacteria, is crucial and should be continuously monitored in order to understand, construct and update effective treatment algorithms and guidelines.
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Детекција и профил на осетливост на Candida species кај пациентки со вулвовагинална кандидоза
    (Faculty of Medicine, Ss. Cyril and Methodius University, Skopje, R Macedonia, 2008)
    ;
    Јанкоска Гордана
    ;
    ;
    Хаџи-Петрушева Мелоска Иванка
    ;
    Зафировиќ Зорица
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Connection between Chlamydia trachomatis and carcinoma
    (Medical Facilty, Ss Cyril and Methodius University, Skopje, R Macedonia, 2019)
    ;
    Tanturovski D
    ;
    Miceva E
    ;
    ;
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Evaluation of VITEK-2 yeast susceptibility test for antifungal susceptibility testing of Candida species to fluconazole
    (Македонско лекарско друштво = Macedonian Medical Association, 2011)
    ;
    ;
    ;
    ;
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Pneumococcal serotypes and their resistance to penicillin
    (Faculty of Medicine, Ss. Cyril and Methodius University, Skopje, R Macedonia, 2014)
    ;
    ;
    ;
    ;
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Dynamic time warping assessment of high-resolution melt curves provides a robust metric for fungal identification
    (Public Library of Science (PLoS), 2017-03-06)
    Lu, Sha
    ;
    ;
    Phatak, Sayali S.
    ;
    Li, Dongmei
    ;
    Luka, Janos
    Fungal infections are a global problem imposing considerable disease burden. One of the unmet needs in addressing these infections is rapid, sensitive diagnostics. A promising molecular diagnostic approach is high-resolution melt analysis (HRM). However, there has been little effort in leveraging HRM data for automated, objective identification of fungal species. The purpose of these studies was to assess the utility of distance methods developed for comparison of time series data to classify HRM curves as a means of fungal species identification. Dynamic time warping (DTW), first introduced in the context of speech recognition to identify temporal distortion of similar sounds, is an elastic distance measure that has been successfully applied to a wide range of time series data. Comparison of HRM curves of the rDNA internal transcribed spacer (ITS) region from 51 strains of 18 fungal species using DTW distances allowed accurate classification and clustering of all 51 strains. The utility of DTW distances for species identification was demonstrated by matching HRM curves from 243 previously identified clinical isolates against a database of curves from standard reference strains. The results revealed a number of prior misclassifications, discriminated species that are not resolved by routine phenotypic tests, and accurately identified all 243 test strains. In addition to DTW, several other distance functions, Edit Distance on Real sequence (EDR) and Shape-based Distance (SBD), showed promise. It is concluded that DTW-based distances provide a useful metric for the automated identification of fungi based on HRM curves of the ITS region and that this provides the foundation for a robust and automatable method applicable to the clinical setting.
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Susceptibility profile of Candida parapsilosis in critically ill neonates determined with VITEK-2 antifungal susceptibility method
    (INSTITUTE OF PUBLIC HEALTH OF REPUBLIC OF NORTH MACEDONIA, 2011)
    ;
    ;
    ;
    ;
    Progressive increase in the incidence of serious fungal infections during the last decades has been registered. Although spectrum of fungi causing serious infections continues to expand, Candida species remains responsible for most of them. C.albicans is still the most frequent etiological agent, but shift towards non-albicans Candida species has been noticed. From recently, C.parapsilosis is an emerging pathogen that has increased in significance and prevalence. Premature born neonates and patients in intensive care units are at highest risk for severe infection. Due to emerging resistance in Candida species to antifungal agents, there is a need for determination of susceptibility profile of clinically significant yeasts. The aim of this study was to investigate the susceptibility profile of ten blood cultures’ isolates of C.parapsilosis from critically ill neonates to fluconazole, voriconazole and amphotericin B. Antifungal susceptibility testing of all isolates was performed with the automated VITEK-2 method. All isolates of C.parapsilosis were susceptible to the investigated antifungal agents. The emergence of C.parapsilosis as the leading non-albicans Candida species in the etiology of candidemia in critically ill patients poses a major threat for the future. The VITEK-2 system is the first automated approach to antifungal susceptibility testing and provides optimal susceptibility test standardization.
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Проценка на методите за одредување на осетливоста на Candida species на антифунгални средства
    (2011-06-22)
    Во текот на изминатите неколку децении се регистрира прогресивен пораст на инциденцата на сериозните габични инфекции кои се асоцирани со значаен морбидитет и морталитет. Иако спектарот на габички кои предизвикуваат сериозни инфекции е сé поголем, најчести причинители остануваат Candida species. И покрај тоа што најчест етиолошки агенс е сéуште Candida albicans, последните години сé почесто се изолираат и non-albicans Candida species, за кои е познато дека се помалку осетливи на антифунгални средства. Од тука се наметнува потреба за тестирање на нивната осетливост, што е особено значајно поради развојот на резистенција, во услови на долготрајна терапија или профилакса. Референтниот бујон микродилуциски метод е сéуште златен стандард за испитување на осетливоста на Candida species, но во последните години се појавија и комерцијално достапни методи, како што се автоматизираниот VITEK-2, Е-тест и диск дифузиониот метод. Целите на оваа студија беа да се испита честотата и профилот на осетливост на различни видови Candida species на вообичаено клинички користените антифунгални средства (флуконазол, итраконазол, вориконазол, амфотерицин Б и каспофунгин) со референтниот, автоматизираниот VITEK-2, Е-тест и диск дифузиониот метод, и да се проценат сензитивноста и специфичноста на Е-тестот и диск дифузиониот метод како алтернативни методи за одредување на профилот на осетливост на Candida species во однос на референтниот и VITEK-2 методот. Со испитувањето беа опфатени 150 изолати на Candida species (60 соеви на C.albicans и 90 соеви на non-albicans Candida species), од различни примероци (примероци од респираторен и генитален тракт, брисеви од рани, крв, урина) на амбулантски и хоспитално третирани пациенти на Универзитетските клиники во Скопје. Осетливоста беше одредувана со автоматизираниот VITEK-2 метод, а од нив, според профилот на осетливост беа издвоени 50 изолати на Candida species, кои понатаму беа испитувани со Е-тест и диск дифузиониот метод, по што резултатите беа споредувани со референтниот и VITEK-2 методот. Од сите испитани изолати, 88.7% (133/150) беа осетливи на флуконазол, 4% (6/150) изолати беа осетливи во зависност од дозата, а резистенција на флуконазол беше регистрирана кај 7.3% (11/150) од изолатите. Осетливост на амфотерицин Б (МИК≤1g/ml) е најдена кај 97.3%, а резистенција (МИК од 2 g/ml) само кај 2.7% (4 изолати). Анализата на МИК на вориконазол покажа дека не постои резистенција на истиот, освен кај 3 изолати на C.krusei (2%), кај кои беше регистрирана осетливост во зависност од дозата (S-DD), со МИК од 2 g/ml. При испитување на осетливоста на Candida species на итраконазол со CLSI референтниот метод, 84% (42/50) изолати покажаа осетлив профил. Резистенција на итраконазол беше регистрирана кај 16% од изолатите (8/50). Меѓу изолатите од нашата студија кои беа резистентни на флуконазол, 62.5% (5/8) беа истовремено резистентни и на итраконазол (МИК=2 µg/ml). При испитување на осетливоста на Candida species на каспофунгин со CLSI референтниот метод, 94% (47/50) покажаа осетлив профил. In vitro активност на каспофунгинот беше регистрирана кон сите соеви на Candida species, освен 2 изолати на C.guilliermondii (МИК=8µg/ml) и 1 изолат на C.rugosa (МИК=4µg/ml). Иако беа регистрирани мали разлики во МИК, потполната согласнот меѓу CLSI референтниот метод и VITEK-2 методот е 100%, со оглед дека сите резултати беа во истата категорија на осетливост на изолатите. Потполната согласност меѓу Е-тестот и референтниот CLSI метод за одредување на профилот на осетливост на Candida species изнесуваше 86% за итраконазол, 90.48% за флуконазол, 98% за амфотерицин Б и за каспофунгин и 100% за вориконазол. Потполната согласност меѓу диск дифузиониот метод и референтниот CLSI метод за одредување на профилот на осетливост на Candida species изнесуваше 90.48% за флуконазол, 97.3% за итраконазол, 98% за амфотерицин Б и каспофунгин, и 100% за вориконазол. VITEK-2 методот е првиот комерцијално достапен систем со автоматизиран пристап кој обезбедува оптимална стандардизација на постапката на тестирање на осетливоста на квасниците на антифунгални агенси. Е-тестот е репродуцибилен метод и дава веродостојни резултати кои добро корелираат со референтниот бујон микродилуциски метод. Диск дифузиониот метод е репродуцибилен и согласен со референтниот метод, и дава резултати со прифатлив степен на точност, но не е толку сигурен за диференцирање меѓу осетливите соеви и соевите осетливи во зависност од дозата. Нашите резултати покaжуваат дека и E-тестот и диск дифузиониот метод можат да бидат добри алтернативни методи за одредување на осетливоста на Candida species на антифунгални средства, во секојдневната рутинска работа на микробиолошките лаборатории.
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Лабораториски техники за идентификација на non-albicans Candida.
    (Македонско лекарско друштво = Macedonian Medical Association, 2002)
    ;
    Петровска Милена
    ;
    Јанкоска Гордана
    ;
    Зафировиќ Зорица
  • Some of the metrics are blocked by your 
    Item type:Publication,
    Respiratory stress in mitochondrial electron transport chain complex mutants of Candida albicans activates Snf1 kinase response
    (Elsevier BV, 2018-02)
    Zhang, Pengyi
    ;
    Li, Hongbin
    ;
    Cheng, Jie
    ;
    Sun, April Y.
    ;
    Wang, Liqing